Tőkés István 1916. augusztus 8-án Málnáson született egy nagy hagyományokkal rendelkező, erdélyi református családban. Édesapja Tőkés József esperes lelkész, teológus, szótárszerkesztő adta meg életének első indíttatásait.
A sepsziszentgyörgyi Székely Mikó Kollégium és a kolozsvári teológia elvégzése után tanulmányait 1938-tól Németországban, majd Svájcban folytatta. Vásárhelyi János püspök hívására tér haza: 1940-ben, Erdély visszatérésének évében püspöki titkár és főiskolai lelkész lesz.
1945-től 33 éven keresztül az Erdélyi Református Egyházkerület egyházigazgatója, előadótanácsosa. 1973-ban – bár korábban kinevezését a diktatúra hatóságai megakadályozták – a Református Újszövetségi Exegézis és Bibliai Teológia tanszék professzora lesz, ahol egészen 1983 novemberéig, az állam által kikényszerített nyugdíjazásáig szolgál.
Tudományos és lelkipásztori munkássága alatt több mint száz tanulmányt írt, 15 önálló kötete jelent meg. Nagy jelentőségű A romániai magyar református egyház élete 1944-1989 című egyháztörténeti írása.
Tőkés István lelkészi pályafutása során az egyház küldetésének védelmében rendre szembekerült a kommunista hatalommal. Rendszeres megfigyelés alatt állt, a hatóságok zaklatták, és az egyházban működő kollaboránsok korlátozták tevékenységét. Az üldöztetés nem térítette el a maga által választott úttól: következetesen jelenítette meg a keresztény református hit igazságait, védelmezte a magyarság jogait, kulturális örökségét.
Feleségével boldog családi életet éltek: nyolc gyermeket neveltek fel, eddig 27 unokájuk és 13 dédunokájuk született. (Egyik fia, Tőkés László temesvári lelkészként fontos szerepet játszott az 1989-es romániai forradalomban, majd püspök és Európa parlamenti képviselő lett.)
Munkásságát 2002-ben Károli Gáspár-díjjal, 2006-ban Pro Ecclesia díjjal, 2011-ben a Magyar Köztársasági Érdemrend tisztikeresztjével, 2012-ben a Magyar Érdemrend középkeresztje a csillaggal kitüntetéssel ismerték el.
Tőkés István temetési istentiszteletét 2016. január 21-én, csütörtökön 13 órakor tartják a kolozsvári Farkas utcai református templomban, földi maradványait a Házsongárdi temetőben helyezik örök nyugalomra.
Halálakor azon nagy nemzedék egyik tagjától köszönünk el, amely a kommunista diktatúra idején a kisebbségi lét minden nehézsége között is megtartotta, megélte és tovább adta a református keresztény hitet, egyszersmind elkötelezetten dolgozott a magyarság megmaradásáért, jogainak érvényesítéséért, közösségeiért. Bátorsága tanúságtétel volt mindazok számára, akik ismerték, és értették szándékait, egyetértettek céljaival: Isten és az emberek szolgálatával. A következő nemzedékek számára olyan példa, amely méltó a figyelemre és a követelésre.